文學院
國立中興大學文學院語言中心
國立中興大學文學院華語中心

農資學院
國立中興大學農業暨自然資源學院實驗林管理處
國立中興大學農業暨自然資源學院農業試驗場
國立中興大學農業暨自然資源學院園藝試驗場
國立中興大學農業暨自然資源學院畜產試驗場
國立中興大學農業暨自然資源學院食品暨生技實習工廠
國立中興大學農業暨自然資源學院農業機械實習工廠
國立中興大學農業暨自然資源學院土壤調查試驗中心
國立中興大學農業暨自然資源學院農業推廣中心
國立中興大學農業暨自然資源學院農業自動化中心
國立中興大學農業暨自然資源學院實習商店
國立中興大學農業暨自然資源學院農藥殘留檢測中心

理學院
國立中興大學理學院科學教育中心

工學院
國立中興大學工學院機械實習工廠
國立中興大學工學院工程科技研發中心
國立中興大學工學院智慧自動化暨精密機械研究中心

生科學院
國立中興大學生命科學院榮興轉譯醫學研究中心
國立中興大學生命科學院全球變遷生物學研究中心

獸醫學院
國立中興大學獸醫學院獸醫教學醫院
動物疾病診斷中心

國立中興大學編制外院級附屬單位

文學院
國立中興大學文學院鹿鳴文化資產中心

農資學院
國立中興大學農業暨自然資源學院農業政策研究中心
國立中興大學農業暨自然資源學院國土資源保育中心
國立中興大學農業暨自然資源學院食品及畜產品安全檢測中心
國立中興大學農業暨自然資源學院植物教學醫院

工學院
國立中興大學工學院金屬研發中心
國立中興大學工學院智慧微創器械中心
國立中興大學工學院智慧封裝研究中心
國立中興大學工學院無人載具研究中心
國立中興大學工學院先進光學設計研究中心

生科學院
國立中興大學生命科學院生醫產業研發中心

管理學院
國立中興大學管理學院產業發展研究中心
國立中興大學管理學院金融數據分析與科技研究中心
國立中興大學管理學院磐石產學研究中心
國立中興大學管理學院電子商務暨知識經濟研究中心

法政學院
國立中興大學法政學院台商研究中心
國立中興大學法政學院全球和平與戰略研究中心
國立中興大學法政學院商情暨民意調查研究中心
國立中興大學法政學院當代中國研究中心
國立中興大學法政學院日韓總和研究中心
國立中興大學法政學院政經兵棋推演研究中心
國立中興大學法政學院教育科學研究中心
國立中興大學法政學院當代南亞與中東研究中心
國立中興大學法政學院創制複決研究中心

電資學院
國立中興大學電機學院資通安全研究與教學中心
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